Masivul are o climă aspră, cu caracteristici subpolare. Temperatura scade cu creșterea altitudinii. Valoarea medie anuală a crestei atinge -2 grade Celsius. Temperatura variază între +20 și -38 grade Celsius. Sunt rare zilele când deasupra Făgărașului cerul este complet senin. Masivul își formează și nori proprii! Aici sunt înregistrate cele mai mari valori ale precipitației, ajungând la 1400 mm/an. Iarna se produc multe avalanșe, care fac imposibilă inclusiv circulația pe drumul alpin, transfăgărășanul, care din 1974 traversează masivul.
